Nvidia i Harvard unaprijedili genetska istraživanja

Znanstvenici Nvidije i Sveučilišta Harvard razvili su komplet alata dubokog učenja koji može značajno smanjiti vrijeme i troškove potrebne za izvođenje rijetkih jednostaničnih eksperimenata.

Njihov "toolkit" pod nazivom AtacWorks može sekvencirati čitav genom za samo pola sata, umjesto za više od dva dana koliko se inače utroši standardnim metodama, a to omogućuju Nvidijini Tensor Core GPU-i. 

AtacWorks radi s ATAC-seq, dobro uspostavljenom metodom osmišljenom za pronalaženje otvorenih područja u genomu zdravih i bolesnih stanica. Ta su "otvorena područja" pododjeljci DNK osobe koji se koriste za određivanje i aktiviranje određenih funkcija. Taj dio genoma znanstvenicima bi mogao dati naznake može li osoba imati Alzheimerovu bolest, bolest srca ili rak.

ATAC-sec metoda obično zahtijeva analizu desetaka tisuća stanica, ali AtacWorks je u mogućnosti dobiti iste rezultate koristeći samo desetke stanica. Istraživači su također primijenili AtacWorks na skup matičnih stanica koje proizvode crvene i bijele krvne stanice, podvrste koje se obično ne mogu proučavati tradicionalnim metodama. Ali s AtacWorksom su uspjeli identificirati zasebne dijelove DNK povezane s bijelim i crvenim krvnim stanicama.

Sposobnost brže i jeftinije analize genoma uvelike će pomoći u identificiranju specifičnih mutacija ili biomarkera koji bi mogli dovesti do određenih bolesti. Čak bi mogao pomoći u otkrivanju lijekova pomažući istraživačima da shvate kako bolest djeluje.

"AtacWorks može pomoći ne samo smanjiti troškove prikupljanja podataka o pristupačnosti kromatina, već i otvoriti nove mogućnosti u otkrivanju i dijagnostici lijekova", rekla je Avantika Lal, znanstvenica genomike i dubokog učenja u Nvidiji, vodeća autorica studije objavljene u časopisu Nature.