BROAD Institute
Algoritam otkriva gotovo 188 novih vrsta CRISPR sustava
Novi algoritam pretraživanja je identificirao 188 vrsta novih rijetke CRISPR sustave za urešivanje gena u bakterijskim genomima.
Analizirajući podatke o bakterijama, istraživači Broad instituta s MIT-a i Harvarda te njihovi kolege iz drugih američkih institucija otkrili su tisuće rijetkih novih CRISPR sustava koji imaju niz funkcija i mogu omogućiti uređivanje gena, dijagnostiku i još mnogo toga.
Baze podataka mikrobnih sekvenci sadrže mnoštvo informacija o enzimima i drugim molekulama koje bi se mogle prilagoditi biotehnologiji. No te su baze podataka posljednjih godina toliko narasle da je postalo teško učinkovito pretraživati enzime od interesa.
Sada su znanstvenici s Broad instituta MIT-a i Harvarda, McGovern instituta za istraživanje mozga na MIT-u i Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI) pri Nacionalnom institutu za zdravlje razvili novi algoritam pretraživanja koji je identificirao 188 vrsta novih rijetkih CRISPR sustava u bakterijskim genomima, koji obuhvaćaju tisuće pojedinačnih sustava.
Algoritam, koji dolazi iz laboratorija pionira CRISPR-a Feng Zhanga, koristi pristupe grupiranja velikih podataka za brzo pretraživanje golemih količina genomskih podataka. Tim je koristio svoj algoritam, nazvan Fast Locality-Sensitive Hashing-based clustering (FLSHclust) za istraživanje tri glavne javne baze podataka koje sadrže podatke iz širokog spektra neobičnih bakterija, uključujući one pronađene u rudnicima ugljena, pivovarama, antarktičkim jezerima i slini pasa.
Znanstvenici su pronašli iznenađujući broj i raznolikost CRISPR sustava, uključujući one koji mogu uređivati DNK u ljudskim stanicama, druge koji mogu ciljati RNK i mnoge s nizom drugih funkcija.
Novi sustavi potencijalno bi se mogli iskoristiti za uređivanje stanica sisavaca s manje neželjenih učinaka od trenutnih sustava Cas9. Također bi se jednog dana mogli koristiti kao dijagnostika ili služiti kao molekularni zapisi aktivnosti unutar stanica.
Istraživači su pronašli nekoliko novih varijanti poznatih sustava tipa I CRISPR, koji koriste vodič RNK koji je dugačak 32 para baza umjesto vodiča Cas9 od 20 nukleotida. Zbog svojih duljih vodiča RNK, ovi sustavi tipa I mogli bi se potencijalno koristiti za razvoj preciznije tehnologije za uređivanje gena koja je manje sklona uređivanju izvan cilja.
Istraživanje objavljeno u časopisu Science možete pronaći na ovoj poveznici.
Istraživači tvrde da su otkrili dokaze o potencijalnim slanim ledenjacima na Merkuru.
AI nos se može koristiti za osiguranje svježine i kvalitete prehrambenih proizvoda u supermarketima.
Učitavam komentare ...